一九六三年新亞書院成為香港中文大學一間成員學院時，新亞書院董事會根據新亞書院創辦人與第一任校長錢穆教授的計劃及錢氏早年與教育司多次商討的結果，建議在新亞書院遷往沙田馬料水（現今大學站）後，於農圃道校舍開辦一不牟利的中文中學，使新亞書院的理想，通過新亞研究所和新亞中學兩個不同層面的教育，繼續延伸發展。
一九七三年新亞中學就在新亞書院農圃道的校舍正式開辦，隸屬於新亞教育文化會轄下教育機構之一。第一任校長是許濤先生，第二任校長為劉煥英女士，第三任校長乃剛於2010年退休的屈啟秋先生，現任校長為黃惠庭女士。新亞中學一向遵循新亞書院的傳統：重視儒家精神，致力發揚中國文化與固有道德。
本校為一所津貼中文中學，以發揚中國傳統文化，培養學生五育均衡發展為宗旨，使學生畢業後成為一個品德端正、明辨是非、待人以誠的公民。本校推行母語教學，摒除學習時的語言障礙，提高學習的效率，充分發揮潛能。
本校校舍原屬中大新亞書院，面積頗大，環境優美。自新亞書院遷入大學後，原來的校舍便成為今日的新亞中學。除一般中學應有的基本設施外，尚有偌大圖書館，可容納二百餘學生。各課室已裝置防止噪音的空調系統。
因學生中一入學時水平參差，校方推行多項支援措施以提昇學生的自學能力：例如課程剪裁，可因材施教；安排課外活動節及編定多元化的重點項目，逐步落實「一生一體藝」的理念，分階層地培養學生的領導能力，加強學生的成功感及歸屬感；以『農圃獎勵計劃』協助學生自定學習目標，挑戰自我，追求卓越。
2010至2011學年配合「微調語言」政策的推行，除英文科外，數學及基礎會計均以英文為教學語言。
